WATERS består av partners från 10 svenska institutioner, myndigheter, eller konsultfirmor, samt Århus universitet, Danmark.
AquaBiota Water Research
Göteborgs Universitet, Insitutionen för marin ekologi
Hafok AB
Marine Monitoring AB
SMHI, Oceanografi
Stockholms universitet, Systemekologiska institutionen
Sveriges Lantbruksuniversitet, Institutionen för akvatiska resurser samt Institutionen för vatten och miljö
Sveriges Vattenekologer
Toxicon AB
Umeå Universitet, Umeå Marina Forskningscentrum
Århus Universitet, Institut for Bioscience
WATERS sekretariat är lokaliserat vid Havsmiljöinstitutet, Göteborg.